Притаманна Ніковському політична поміркованість була характерна для передвоєнного українського руху загалом, проте одразу з початком революції у суспільстві взяли гору радикально соціалістичні настрої. Заступник голови Центральної Ради, Ніковський одночасно став і одним з лідерів парламентської опозиції. Він був обраний заступником голови проводу Української партії соціалістів-федералістів і редагував партійну газету «Нова рада».
Центристська налаштованість Ніковського змусила його і сторонитися соціалістичних експериментів Центральної Ради, і очолити Український Національний Союз при підготовці повстання проти гетьмана Скоропадського. Саме 18-го року політична позиція Ніковського змінилася від автономізму до самостійництва. А під час денікінської окупації Києва він вступив до таємного «Братства Української Державності», програму якого охарактеризував гаслом «держава над партійністю, нація над класами».
20-го року міністр закордонних справ УНР Ніковський у складі уряду виїхав на еміґрацію до польського міста Тарнова і там розробляв нову Конституцію УНР. Через чотири роки Всеукраїнська Академія Наук домоглася дозволу більшовиків на його повернення до України. У Києві Ніковський працював головою Правописно-термінологічної комісії, підготував і видав «Словник українсько-російський», перекладав українською мовою Гоголя, Лондона та Шекспіра.
Заарештований у справі процесу «Спілки Визволення України», Ніковський був у квітні 30-го року засуджений до десяти років ув’язнення та п’яти років позбавлення політичних прав. Він відбув повний термін покарання, після чого виїхав до Ленінграда і загинув там під час блокади, імовірно, 42-го року.