23 жовтня до міста Борзни, де перебував гетьман, прискакав його небіж Андрій Войнаровський з повідомленням про наближення московської кінноти. Мазепа негайно виїхав до своєї столиці Батурина і упродовж ночі спалив там частину власного архіву. Вранці у неділю 24 жовтня гетьман із старшиною та чотирма тисячами козаків залишили Батурин і наступного дня переправилися на правий берег Десни біля села Оболоння. На третій день вони прибули до села Горки, де розміщувався штаб Карла Дванадцятого. Говорить київський історик Тарас Чухліб:
"29 жовтня була зустріч між українським гетьманом та шведським королем, під час якої, очевидно, було підписано договір між Українським гетьманатом та Шведським королівством. І це означало відхід Українського гетьманату на чолі з Іваном Мазепою від зверхності російського царя Петра І. В радянській історіографії і в російській історіографії раніше це означалось як зрада, пізніше це стало означатися як відмова Івана Мазепи від протекції Петра І".
За кілька днів десятитисячна московська армія під командуванням Олександра Меншикова оточила Батурин і стала його штурмувати. У ніч на 2 листопада завдяки зраді наказного прилуцького полковника Івана Носа гетьманська столиця була взята і зруйнована, а її захисники та всі мирні мешканці – вбиті. Говорить професор Віктор Горобець:
"Вибір гетьмана був не просто непростим, він був вистражданим. Це був вибір політика, який думав не про свою участь, а шукав такого по-справжньому мудрого рішення Володаря. І тому найперше означення для всіх тих подій – очевидно, це підпадає під означення «трагедія». Але це була та трагедія, яка, власне, і уможливила збереження української самої ідентичності".