Проектувальники газопроводу звернулися до Естонії з наміром провести дослідження Фінської затоки на випадок коректування маршруту. Дослідницькі роботи мали проводитися в естонських економічних водах. Однак, за словами міністра закордонних справ Естонії Урмаса Паета, виявилось, що розробка газопроводу торкнулась би і територіальних вод країни. Заплановані роботи передбачали буріння шельфу Фінської затоки, що сприяло б виявленню обсягу природних запасів Естонії та можливостей їх використання. Виходячи з державних інтересів Естонії, уряд країни вирішив заборонити проведення досліджень.
Керівництво країни визнає, що політичне тло не сприяє тому, щоб Естонія йшла назустріч компанії Nord Stream, контрольним пакетом якої володіє російський енергомонополіст «Газпром». Однак, за словами керівника МЗС країни Урмаса Паета, рішення естонського уряду не слід розглядати як відповідь Таллінна Москві після квітневих подій, пов’язаних з демонтажем пам’ятника радянському воїнові.
« Я б не назвав це «холодною війною» і не хотів би, щоб це пов’язували з Росією. Ми маємо справу з приватною фірмою Nord Stream, де, правда, 51% акцій належить «Газпрому». Однак, якщо простежити історію подій, то коректно було б запросити Естонію до проекту 10 років тому, коли його починали, виходячи з конвенції "Еспо", яка вимагає дослідження усіх альтернатив», - зазначив Урмас Пает
Естонська влада вважає, що краще було б провести Північноєвропейський газопровід по суші, зокрема через Польщу. Для європейських партнерів, які беруть участь у цьому проекті, керівник естонського МЗС зазначив:
«Для Європи головною цінністю є єдність, а це означає, що при плануванні такої важливої траси повинні були бути залучені країни, чиїх інтересів це може торкатися. Але до цих пір в цьому проекті інтереси Естонії, інших Балтійських держав та Польщі не були враховані».
Представники компанії Nord Stream заявили, що для них рішення Естонії було несподіваним. Однак, за словами заступника технічного директора компанії Дірка фон Альмена, газопровід буде-таки прокладений по дну Балтійського моря, але на іншій стороні Фінської затоки.