Завантажений громадськими справами, Науменко скаржився на те, що має для сну лише чотири години на добу. Він був головним редактором і видавцем журналу «Киевская Старина», головою Київського товариства грамотності та головою Українського Наукового Товариства, якому подарував кілька тисяч книг із власної бібліотеки. Із скасуванням заборони на українські видання Науменко почав видавати часопис «Україна» та українські книги, зокрема чотиритомний «Словарь української мови» Бориса Грінченка.
1906 року Науменко став членом центрального комітету партії кадетів і видавав газету «Свобода і право», згодом закриту постановою Київської судової палати «через шкідливий її напрямок». У товаристві «Просвіта» він, за словами київського губернатора, «займався випуском видань, метою яких було підняття прапору вузьконаціональної автономії».
Як венерабль (тобто, голова) Київської масонської ложі «Заря» Науменко долучився до підготовки повалення російського самодержавства. У березні 17-го року він був обраний заступником голови Центральної Ради і виконував обов’язки голови до повернення Грушевського з московського заслання. У травні Науменко став куратором Київської шкільної округи і організатором національної системи освіти. А наприкінці грудня він вийшов з кадетської партії і став співзасновником Української федерально-демократичної партії.
В уряді гетьмана Скоропадського Науменко був міністром народної освіти та мистецтв. Автор понад 130 наукових публікацій, він працював в Українській Академії Наук від початку 19-го року.
7 липня 19-го року Науменку виповнилося 67 років, і саме у цей день його заарештували чекісти. Наступного дня він був розстріляний за постановою всеукраїнської надзвичайної комісії «за невизнання радянської влади та контрреволюційну діяльність».