Микола Макаренко чи не єдиний виступав навесні 1934 року «проти знесення Михайлівського монастиря, що намічалося планом реконструкції міста Києва». У документі про черговий перегляд справи Миколи Макаренка, що його склав 1960 року слідчий слідвідділу УКДБ при Раді Міністрів України по Київській області капітан Розумний за узгодженням зі своїм начальником - полковником Лєоновим, відзначалося «в 1934 році Макаренко активно підтримував настрої націоналістичних елементів», а таке формулювання автоматично відносило його справу до фондів «найбільш небезпечних ворогів радянської влади і українського народу» і звичайно відповідь КДБ неодноразово звучала на спроби реабілітації таких, як Микола Макаренко:« Підстав для реабілітації немає… Підконтрольне виробництво припинити… В реабілітації – відмовити ». Про що у справі Миколи Макаренка ще раз прозвітувався відповідним тоном 12 березня 1960 року заступник прокурора Київської області, старший радник юстиції Хрієнко.
А все починалося набагато раніше. Відомого археолога, багаторічного співробітника Ермітажу, директора київського музею Західного та Східного мистецтва, українського вченого, котрий відмовився поставити свій підпис на акті про зруйнування Михайлівського Золотоверхого собору, заарештували у кінці квітня 1934, вже 23 травня Особлива нарада при колегії ГПУ УРСР постановила вислати Миколу Макаренка на три роки за межі України. В заключенні ГПУ від 22 серпня 1935 року йшлося «Враховуючи активне контрреволюційне минуле Макаренка Миколи Омеляновича, скорочення терміну висилки, а також повернення його до Києва не бажане».Тобто, Макаренко належав до категорії людей, котрих влада ніколи не випускала на волю…25 грудня 1937 постановою трійки Миколу Макаренка розстріляли і сталося це 4 січня 1938 року у Новосибірську, рівно за місяць до 61-ї річниці з дня його народження. Сьогодні питання про його реабілітацію вже не стоїть і хоча б тому, що навпроти Софії у Києві ясніє відновлений Михайлівський Золотоверхий, стіни якого Макаренко захищав навіть ціною свого власного життя…