Відновлення юрисдикції Константинопольського Патріархату над Естонською православною церквою через два роки після проголошення незалежності Естонії було причиною не лише церковних чвар. Воно породило і міждержавне протистояння з Росією, для якої відмова естонської влади реєструвати Московську церкву означала утиск прав так званого російськомовного населення. При цьому західні оглядачі підкреслюють, що поділ між Константинопольською і Московською церквою не пролягає за національною ознакою. Є багато православних естонців, які захотіли залишитися в єдності з Москвою, і чимало росіян, що воліли приєднатися до Константинополя.
На думку британського дослідника Фелікса Корлея із Кенстонського Інституту, для Естонії у перші роки незалежності було дуже важливо відтворити національну православну церкву, яка була знищена після радянської окупації країни, і збереглася лише на Заході, серед естонських еміґрантів. Москва ж цю церкву ніколи не визнавала, і вважала Естонію, так само, як Україну, своєю канонічною територією.
Упродовж років Московський Патріархат діяв погрозами, обвинувачував естонську церкву у не канонічності і шукав підтримки російської влади і навіть європейських правозахисних інституцій. Але офіційне прохання про реєстрацію Московський Патріархат подав лише у січні минулого року. Зі свого боку, естонська влада не поспішала задовольнити прохання російської церкви. Вона пояснювала, це проблемою із назвою, бо назву Естонська Православна Церква Московського Патріархату, легко переплутати з Естонською Апостольською Православною Церквою.
Але тепер, коли змінилося керівництво Естонії та виникла потреба покращити стосунки з Росією у розрахунку на вступ до НАТО, уряд погодився зареєструвати Російську Православну Церкву в Естонії. Але цим було вирішено лише частину проблеми. Як тільки відбулася реєстрація минулого місяця, вірні російської церкви почали вимагати повернення церков, які за законом про реституцію було передано Естонській православній церкві як правонаступниці тієї, що існувала до Другої Світової Війни.
Більшість церков, у яких правлять священики російської церкви, орендовані у естонської, яка має менше вірних, але більше храмів. Російські священики незадоволені цим і хотіли би повернути церкви собі. «Все залежить від церковної структури, яку було зареєстровано раніше, так званої Естонської Апостольської Церкви», - говорить священик російської церкви Ігор Прекун. Проте на боці естонської церкви закон та історична справедливість, адже більшість вірних російської церкви – це переселенці радянської доби, говорить голова священного Синоду Естонської православної церкви отець Ардаліон. «Ми не забирали у них майна. Це правове питання. Закон говорить, що ми є спадкоємцями цього майна», - наполягає отець Ардаліон.
Як вирішуватиметься майнове питання, поки що невідомо. Проте експерти зауважують, що за останнє десятиліття російська церква встигла звикнути до думки, що Естонія – це незалежна країна, і правові питання в ній доведеться вирішувати правовим шляхом, а не шляхом державного тиску.